Em 1232 dá-se a chegada dos Franciscanos a Leiria. O Convento de Santa Cruz de Coimbra não consentiu a sua instalação e excomungou os frades, impondo-lhes a saída da vila e recomendando aos fiéis que não lhes dessem esmolas, nem assistissem às suas missas e ofícios, sob pena de excomunhão. Só o recurso ao Papa e a intervenção deste permitiu a sua instalação e a construção do seu convento.

Desde o século XIII, é significativo o movimento de criação de muitas instituições de assistência, tanto em Leiria como noutros locais: confrarias, albergarias, hospitais e gafarias. Mais tarde, surge a Santa Casa da Misericórdia e, recentemente, as conferências de S. Vicente de Paulo, os centros sociais e a Caritas.

A exigência de tornar o apoio espiritual e pastoral mais próximo leva à reorganização do serviço religioso às populações. A partir da segunda década do século XVI, quando Leiria era uma vigararia do Convento de Santa Cruz de Coimbra, dá-se nela um notável movimento de descentralização na administração paroquial, com a criação de capelanias em algumas igrejas da zona rural que passam a gozar de uma certa autonomia, com a instalação da pia de baptizar, celebração da missa nos dias de preceito e dos sacramentos, mantendo apenas uma ligação simbólica com a matriz, mediante a visita obrigatória dos moradores, nos dias determinados.

A criação da Diocese acontece em 22 de Maio de 1545, pelo Papa Paulo III, com a Bula “Pro excellenti”. No pedido dirigido ao Papa, D. João III referia que Leiria "é uma das notáveis vilas deste reino e de muita clerezia e povo"; depois, argumenta que convém muito ao serviço de Deus, para bom governo do clero e povo de Leiria, que tivessem um prelado que residisse na vila e a governasse.

O primeiro bispo é D. Frei Brás de Barros. Entre os seus sucessores destacam-se D. Gaspar do Casal e D. Manuel de Aguiar. Deste diz Afonso Zúquete que foi "o que maior nome deixou por suas obras de misericórdia, notável governo, imensa piedade, sábia e decidida acção em períodos calamitosos da vida da Diocese”.

A criação da Diocese terá deixado descontentes os cónegos de Santa Cruz, que se viram despojados de parte do seu domínio e rendimentos. Sob o primeiro bispo da nova diocese, que foi reformador do Convento de Santa Cruz e nessa qualidade terá sugerido a criação do novo bispado, caiu a acusação de o ter feito por ambição de títulos e honras episcopais, o que não se conforma com o "carácter de piedade e modéstia" que apresentava no seu viver.

A primeira sé foi a igreja de nossa Senhora da Pena, dentro do castelo. Depois, foi construída a de S. Pedro, fora das muralhas. Posteriormente, ainda no século XVI foi construída a actual e ampla sé em local de mais fácil acesso do que as anteriores. No incremento da fé, adquirem grande relevância os santuários, Destacam-se o de Nossa Senhora da Encarnação (século XVI), o do Senhor Jesus dos Milagres (século XVIII) e o de Nossa Senhora de Fátima (século XX).

D. Frei Brás de Barros realizou em 1549 um sínodo diocesano, e publicou as respectivas constituições. Outros sínodos diocesanos são realizados por D. Pedro de Castilho, em 1598, por D. José Alves Correia da Silva, em 1943, e por D. Serafim Ferreira e Silva, em 1995.

As invasões francesas, entre 1807 e 1811, atingiram duramente a região de Leiria. Na cidade, depois da terceira invasão, "incêndios, imundícies e desolação de toda a espécie, era o que nela se via”. A sua população ficou reduzida a umas 150 pessoas, sendo antes cerca de 3000. Em Leiria e nas terras próximas “havia uma absoluta falta de tudo". Quando o bispo D. Manuel de Aguiar, que estivera refugiado em Lisboa, regressa a Leiria, encontra uma situação desolada: o paço episcopal, o convento de San'Ana e o recolhimento de Santo Estêvão tinham sido incendiados, o seminário estava arruinado, a Sé fora saqueada e o hospital tinha vários estragos e perdera os seus títulos de renda. Nas freguesias não era menor a desolação: havia órfãos e viúvas a cuidar, doentes e feridos a tratar, muita miséria e desgraça a remediar.
"Intrepidamente, o prelado lançou-se à obra de reconstrução e reparação de tanta ruína". No mesmo século XIX houve outras provações. A 4.09.1882 dá-se a extinção da própria diocese. Em 1834, a extinção das ordens religiosas, o encerramento do Seminário e a expoliação dos conventos.

A restauração da Diocese veio a acontecer 17.01.1918, por Bento XV com a Bula “Quo vehementius”. No processo de restauração desempenharam papel relevante três grandes figuras: Vitorino da Silva Araújo e os padres Júlio Pereira Roque e José Ferreira de Lacerda, ambos jornalistas.

Entretanto, na segunda década do século XX, ainda a Diocese não fora restaurada, novas dificuldades surgem em Leiria. Em consequência da lei da separação da Igreja do Estado dá-se a expoliação dos bens da Igreja e a perseguição aos seus membros. Algumas igrejas e o paço episcopal são transformados em quartéis militares ou ocupadas por entidades estatais.

Nos anos de 1916 e 1917 acontecem as aparições de Fátima. É o início de uma nova fase para esta Diocese. Fátima começa a atarir milhares, e posteriormente milhões de peregrinos.

Em 1951, realiza-se a peregrinação da imagem de Nossa Senhora de Fátima por toda a Diocese, suscitando grande fervor e entusiasmando os fiéis na sua devoção à Mãe de Cristo. Fátima foi motivo para a visita dos Papas Paulo VI, em 1967, e de João Paulo II, em 1982, 1991 e 2000, a última das quais para a solene beatificação dos dois irmãos Francisco e Jacinta Marto.

Entretanto, em 1963, a Diocese recebe como sua padroeira, ao lado de Santo Agostinho, Nossa Senhora de Fátima, ficando assim com dois padroeiros. Por decreto da Congregação dos Bispos, de 13 de Maio de 1984, confirmado pela Bula pontifícia “Qua pietate”, com a mesma data, foi dado à Diocese o título de Leiria–Fátima.

Na sequência do Concílio Vaticano II, assistimos ao surgir de movimentos de espiritualidade e apostolado, e à implementação de serviços diocesanos de  dinamização pastoral e de formação de leigos. O Congresso Diocesano de Leigos, em 1988, "foi um acontecimento memorável, que fez vibrar e rejuvenescer muitos membros do Povo de Deus. Dele saíram válidas propostas para a renovação da nossa Igreja". Entre elas estava a da "realização de um sínodo diocesano", a que já se fez referência. A partir do Sínodo foi elaborado o projecto pastoral “Testemunhar Cristo, fonte de esperança”, para os anos 2005-2011, pelo qual se orienta presentemente a dinamização da vida e acção da Diocese.

In www.leiria-fatima.pt